W wielu przypadkach ochrona zachowawcza (zwana też ochroną bierną) jest rzeczywiście najlepszym sposobem zachowania wartości przyrodniczych. Dotyczyć ona powinna mało zmienionych przez człowieka układów przyrodniczych, ekosystemów mających wiele pierwotnych cech i działających tak jakby człowieka wcale nie było i bez jego udziału dających sobie radę najlepiej.

Jednak okazało się, że niektóre rezerwaty przyrody pozostawione bez ingerencji człowieka z biegiem lat straciły te walory, dla których ochrony zostały utworzone. Po upływie dwudziestu, trzydziestu lat wyglądały one inaczej niż w momencie powołania, rosły w nich już inne rośliny, występowały inne gatunki zwierząt. Działo się tak dlatego, że ich poprzedni stan zależał w jakiś sposób od gospodarki, zwykle od rolnictwa.

Na przykład, człowiek wypasając konie, bydło lub owce oraz zbierając siano nie dopuszczał do rozwoju wysokich roślin, krzewów i drzew, tworząc środowisko nieosłonięte i dobrze nasłonecznione, co sprzyjało zespołowi gatunków roślin i zwierząt przystosowanych do życia w takich właśnie warunkach.

Nie można takich miejsc ogrodzić i pozostawić w spokoju. Trzeba na nich po prostu gospodarować. Trzeba je kształtować tak, jak były one kształtowane przez rolnictwo w ciągu ubiegłych wieków. Jeśli rolnikom nie opłaca się trzymać tam bydła i koni, to muszą to robić ludzie zajmujący się ochroną przyrody – od 2004 można uzyskać spore sumy na tego typu działalność rolniczą z Unii Europejskiej. Ochrona przyrody, urzeczywistniana przez gospodarowanie sprzyjające wartościowym układom przyrodniczym i gatunkom wymagającym szczególnej ochrony nazywana jest ochroną czynną.

Ochrona czynna, czyli ingerowanie w przyrodę w celu zachowania jakiejś wartości, która zniknęłaby w następstwie zachodzących procesów, może ograniczyć się do stabilizacji – powstrzymywania niepożądanych zmian. Jeśli te zmiany już nastąpiły, to trzeba odtworzyć poprzednie warunki, usunąć niekorzystne czynniki (np. sztuczne osuszanie) – takie działanie to renaturalizacja. Najdalej idącą formą ochrony czynnej jest przebudowa (kreacja) – ukształtowanie układu przyrodniczego niemal od nowa, często przez usunięcie zmian wywołanych gospodarką człowieka i przywrócenie ekosystemu odpowiadającego lokalnym warunkom (klimatowi, glebom, stosunkom wodnym).

Musimy zachować nie tylko ekosystemy, które możemy uznać za naturalne i półnaturalne. Pojawia się też konieczność zachowania przyrodniczego bogactwa terenów, na których stale gospodarują ludzie, czyli terenów rolnych z zadrzewieniami śródpolnymi, miedzami, oczkami wodnymi. Już teraz trzeba chronić tradycyjne odmiany roślin uprawnych i wymierające rośliny do niedawna uznawane za chwasty. Zmiany, które wywoła wstąpienie Polski do Unii Europejskiej będą wpływać na środowisko przyrodnicze terenów rolnych. Jednak towarzyszyć im będą procesy dające nadzieję na prowadzenie czynnej ochrony właśnie przez gospodarkę rolną. Rolnik może być wynagradzany za utrzymywanie na swojej ziemi dobrze funkcjonującego, zrównoważonego, bogatego ekosystemu, w którym będzie miejsce dla motyli, ptaków, dzikich kwiatów i na przykład krów dających czyste mleko bez domieszki rolniczej chemii. Oby już w niedalekiej przyszłości część rolnictwa stała się elementem struktur zajmujących się ochroną przyrody.