Miejsca takie - wyróżniające się spośród otoczenia, tym że ich przestrzeń wykorzystywana jest przez szczególnie cenne gatunki ptaków lub szczególnie przez ptaki zasiedlona - zostały nazwane ostojami ptaków.
Po pierwszej wojnie światowej aktywność rozwinęły różne stowarzyszenia działające na rzecz ochrony przyrody. Te z nich, które były zainteresowane zwłaszcza ptakami powołały w 1923 r. Międzynarodową Radę Ochrony Ptaków (International Council for Bird Preservation, ICBP). Pracując jako międzynarodowa federacja stowarzyszeń ICBP w 1993 zrzeszała już 330 organizacji ze stu krajów. Wówczas unowocześniła swój sposób działania, podjęła ambitniejsze zadania i zmieniła nazwę na używaną obecnie – BirdLife International.
Działacze organizacji pozarządowych na rzecz ochrony ptaków i współpracujący z nimi ornitolodzy w latach osiemdziesiątych 20. wieku opracowali kilka publikacji precyzujących po pierwsze – listę gatunków ptaków wymagających ochrony wobec ich zagrożenia wymarciem lub znacznym spadkiem liczebności, a po drugie – wskazujących na terenie Europy ostoje ptaków, gdzie ochrona siedlisk powinna przynieść pozytywne skutki w powstrzymaniu spadku liczebności zagrożonych gatunków.
W miarę gromadzenia wiedzy o rozmieszczeniu ptaków, ich liczebności i jej zmianach udało się wybrać gatunki wymagające ochrony i uporządkować je według stopnia zagrożenia. To co przesądza o tym, że jakiś obszar powinien być chroniony przed niekorzystnymi zmianami w siedliskach ptaków to przede wszystkim:
• regularna obecność przedstawicieli zagrożonych gatunków na jakimś obszarze,
• zwłaszcza odbywanie lęgów,
• zimowanie
• oraz zatrzymywanie się podczas wędrówek w znacznej liczbie.
Kryteria odnoszą się do liczebności przedstawicieli zagrożonych gatunków, wyrażanej zwykle w procentach światowej lub europejskiej populacji tych gatunków.
Pierwszy zestaw naukowych kryteriów wyznaczania obszarów jako ostoi ptaków wraz z obszernym przeglądem miejsc wartych ochrony ze względu na ptaki, ICBP opublikowała w 1989 r. Kolejny, bardziej precyzyjny i pełny system kryteriów oceny wartości przyrodniczej obszaru ze względu na ochronę ptaków ustalony został w publikacjach BirdLife International w 2000 r.
W 1979 r. Wspólnota Europejska przyjęła dyrektywę będącą podstawą prawną ochrony przyrody w krajach jednoczącej się Europy. Już w tym czasie organy Wspólnoty korzystały z wiedzy i doświadczenia ICBP w dziedzinie ochrony ptaków. A od 1998 r. Unia Europejska w majestacie prawa przyjęła kryteria wyboru ostoi ptaków wypracowane przez BirdLife jako podstawę powoływania obszarów specjalnej ochrony ptaków w ramach sieci Natura 2000.
W 2004 r. Ogólnopolskie Towarzystwo Ochrony Ptaków (polski partner BirdLife) opublikowało bardzo obszerne opracowanie "Ostoje ptaków o randze europejskiej w Polsce". Zgodnie z obowiązującymi naukowymi kryteriami w publikacji wskazano 140 ostoi ptaków, z których 3 to duże przybrzeżne akweny Bałtyku, a pozostałe to 137 obszarów lądowych (wraz z rzekami, jeziorami, zalewami i lagunami) w sumie zajmujące blisko 15% powierzchni kraju. Publikacja prezentuje podstawowe dane o każdej ostoi wraz mapą dokładnie określającą zasięg i granice obszaru, który powinien podlegać ochronie. Taka dokumentacja może być dobrą podstawą planowania ochrony przyrody i argumentem przy podejmowaniu decyzji o przedsięwzięciach mogących mieć wpływ na środowisko przyrodnicze.
Niestety ze 140 ostoi ptaków, w myśl zasad przyjętych przez Unię Europejską w pełni zasługujących na ochronę, do sieci Natura 2000 zostało włączonych jako obszary specjalnej ochrony ptaków tylko 72, z czego 25 tych obszarów pokrywa zaledwie część powierzchni odpowiednich ostoi. Z przedstawionej przez OTOP listy jeszcze 68 obszarów (leżących w większości w zachodniej i południowej części kraju) czeka na rządową akceptację i włączenie ich w ogólnoeuropejski system ochrony przyrody.